Почвената покривка в планината е тънка, неразвита, като преобладават планинските и кафявите горски почви, а по долините на реките алувиални почви.

Пирин е извънредно богат на растения и животни. Установени са около 1300 вида висши растения, което е 1/3 от всичките познати в България, 320 вида мъхове и няколкостотин вида водорасли. Висок е процентът на локалните ендемити – растения, които се срещат само в Пирин. Те са 18 на брой – пирински мак, пиринска ливадина, пиринска мащерка, давидов лопен и др. Много от растенията са редки и защитени, като например познатият на всички еделвайс, който се среща най-вече по Джамджиевите скали под Вихрен. Растителността е вертикално зонирана в три височинни пояса – горски, субалпийски и алпийски. Горският пояс е зает предимно от иглолистни дървета – бял и черен бор, бяла и черна мура, ела, обикновен смърч и достига приблизително до 2000 м. Оттам нагоре до 2500 м следва субалпийският пояс, в който доминират храстите клек и хвойна, чиито размери намаляват с увеличаването на височината. Накрая идва ред на алпийският пояс, зает от треви, лишеи и мъхове, а на границата между двата в изобилие се среща черната боровинка. По-особена е растителността край водните басейни, където най-често могат да се срещнат представителина рода на острицата. Най-известното дърво в Пирин е Байкушевата мура, носеща името на откривателя си, лесовъда Коста Байкушев. През 1897 година той изследва дървото с тръбна сонда и изчислява възрастта му на 1200 години. Приблизителните ѝ размери са височина 24 м, диаметър 2,2 м и обиколка 7,8 м.